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商标异议的申请程序主要包括以下几个步骤：

（1）提出异议：任何人或组织认为初步审定的商标不符合《商标法》的相关规定，可以在初步审定公告之日起三个月内向商标局提出异议。提出异议时，需要填写《商标异议书》，明确被异议商标的名称、商品类别、初步审定号、初步审定公告期号，并陈述提出异议的理由。如果异议涉及与异议人已注册商标的相同或近似性，还应提供异议人注册商标的商品类别、商标名称、注册号等信息。

（2）通知答辩：商标局收到异议书及相关证据后，会将异议书副本送达被异议人，被异议人应在收到异议书之日起三十天内作出书面答辩。逾期未答辩的，视为放弃答辩权利，但不影响异议程序的进行。

（3）补正（非必经流程）：商标局在审查异议申请时，如果发现申请书件存在问题需要补正的，会向异议人或商标代理机构寄发补正通知，要求限期补正。

（4）做出裁定：商标局在听取异议人和被异议人陈述的事实和理由后，经调查核实，做出裁定。裁定结果有两种：异议理由不成立的，初步审定的商标予以注册；异议理由成立的，原初步审定的商标不予注册。

（5）送达裁定书：商标局将异议裁定书寄送给异议人与被异议人。

（6）复审：如果异议当事人中任何一方对异议裁定不服，可以在收到异议裁定书之日起十五天内向商标评审委员会申请复审。

在提出异议时，异议人可以是任何人，包括自然人、法人或其他组织，无论其是否与商标有直接利害关系。异议的理由可以包括商标违反禁用条款、与在先商标相同或近似、申请人不具备申请资格等。