既然商标是连结消费者与经营者最重要的媒介，那么商标的使用和注册主体就应该是市场经营者。从《商标法》第4条的规定来看，申请注册商标的主体包括自然人、法人或者其他组织，这些主体在生产经营活动中需要在相应的商品或服务取得商标专用权的，就可以申请注册商标。

根据商标局发布的《商标注册申请常见问题指南》，我国自然人在申请注册商标时，必须提供其为个体工商户经营者的主体资格证明文件(个体工商户营业执照)。也就是说，我国商标体制下能够申请注册商标的应该是参与市场经营的个体工商户，《民法通则》意义上的自然人并不当然能够申请注册商标。值得注意的是，外国自然人在我国大陆地区申请注册商标，则无需提供个体工商户营业执照的相应材料，但必须委托商标代理机构办理。在2017年3月份之前，自然人名义申请注册商标会受到商品服务类别的限制，限制依据在于商标局2007年2月出台的“自然人办理商标注册申请注意事项”，该规则的主要目的在于防止部分自然人抢注或者囤积商标，在该规则的要求下，自然人提出商标注册申请的商品和服务范围，应以其在营业执照或有关登记文件经营范围为限。目前商标局已经取消这一限制，也即是说，现在自然人申请注册商标只需要提供身份证和个体户执照即可跨类别申请注册商标。

在上述三种主体中，法人是商标申请注册数量最多的一种。根据《民法总则》的规定，法人可分为营利法人、非营利法人和特别法人。只有参与市场经营并具备独立法人资格，才可以作为商标申请注册的主体，法人的代表处、办事处不具备独立法人资格，则不能成为商标申请注册主体。一些特殊的法人主体在申请注册商标时应注意按要求提供相应的主体资格证明文件，比如具有法人资格的事业单位应提供“事业单位法人证书”，而社会团体则应提供“社会团体法人登记证书”，学校要申请注册商标可以提供“民办非企业单位登记证书”或“事业单位法人证书”，而不能使用“办学许可证”。